Қазақстан Республикасы білім және ғылым министрлігі (бұдан әрі – ҚР БҒМ) Жобаны іске асыру жөніндегі атқарушы агенттік болып табылады. Жобаның жалпы орындалуына жауапкершілік ҚР БҒМ мектепке дейінгі және орта білім беру департаментіне жүктеледі.
Жоба аясында Консультативтік техникалық кеңес құрылды және Жобаны іске асырдуа қанағаттанарлық стандарттарды сақтау үшін жұмыс атқарады. Консультативтік техникалық кеңес жылына екі рет орындалған іс-шараларды қарастыруға және халықаралық үздік тәжірибелерге негізделген реформа саясатының сақталуын қамтамасыз ету мақсатында ҚР БҒМ-ге кеңес беру үшін жиналады. Кеңес мұғалімдер, оқу бағдарламалары, бағалау мен мектептегі реформаларға қатысты білім беру саясатындағы жаһандық трендтерді терең білетін халықаралық және қазақстандық сарапшылардан тұрады. Консультативтік техникалық кеңесті Қазақстан Республикасы Білім және ғылым министрі басқарады.
Сондай-ақ, Жобаны жан-жақты бақылау мен үйлестіруді жүзеге асыратын жетекші вице-министр бастаған Жұмыс тобы (бұдан әрі - ЖТ)
құрылды. Жұмыс тобына ҚР БҒМ-нің бас басқармаларының және комитеттерінің өкілдері, сондай-ақ ведомстволық бағынышты мекемелер кіреді.
Жобаны басқару және іске асыруға Жобаны басқару жөніндегі топ жауапты (ЖБТ). ЖБТ Жобаны Дүниежүзілік банкпен келісілген және Жобаны іске асыру жөніндегі нұсқаулықта сипатталған егжей-тегжейлі ережелер мен рәсімдерге сәйкес басқарады. Жобаны іске асыруға қатысатын ЖБТ кеңесшілері Дүниежүзілік банктің кеңесшілерін іріктеу және жалдау ережелері мен рәсімдеріне сәйкес таңдалады.